PT Pelabuhan Indonesia I (Persero), PT Pelabuhan Indonesia II (Persero), PT Pelabuhan Indonesia III (Persero), and PT Pelabuhan Indonesia IV (Persero) are non-listed state-owned companies whose shares are 100% owned by the Ministry of SOEs as shareholders representing the Republic of Indonesia. On October 1, 2021, legally PT Pelabuhan Indonesia I (Persero), PT Pelabuhan Indonesia III (Persero) and PT Pelabuhan Indonesia IV (Persero) were merged into PT Pelabuhan Indonesia II (Persero) based on Government Regulation No. 101 Year 2021. PT Pelabuhan Indonesia II (Persero) acts as the surviving entity. Then based on the Republic of Indonesia Minister of SOEs Letter No. S-756/MBU/10/2021 dated October 1, 2021 concerning Approval of Change of Name, Change of Articles of Association and Company Logo, PT Pelabuhan Indonesia II (Persero) changed its name to “PT Pelabuhan Indonesia (Persero), abbreviated as Pelindo”.

Perjalanan Merge Pelindo telah lama didiskusikan, dimulai pada tahun 2009 saat disusun Kajian Port Holding dan Pengerukan. Pada tahun 2012 telah disusun Kajian Integrasi Pelindo I, II, III, dan IV. Pada tahun 2013 telah disusun Kajian Port Holding Indonesia dan pembentukan PT Terminal Petikemas Indonesia. Pada tahun 2016 telah dibentuk PMO Nasional yang dilanjutkan dengan penyusunan kajian Pelindo Incorporated yang saat itu ditujukan untuk menggabungkan Anak Perusahaan PT Pelabuhan Indonesia I, II, III, dan IV (Persero) dengan bidang usaha sejenis. Selanjutnya pada tahun 2017 telah dilakukan inisiasi Pembentukan Holding Maritim dan pada tahun 2018 telah dilakukan kajian Jaringan Pelabuhan Terpadu yang mengidentifikasi 7 (tujuh) Hub Pelabuhan RJPMN, kemudian pada tahun 2019 telah diinisiasi Pembentukan Subholding Peti Kemas.

Perkembangan selanjutnya adalah dibentuknya Tim Percepatan Peningkatan Sinergi dan Integrasi Badan Usaha Milik Negara dalam Pelayanan Jasa Kepelabuhanan oleh Kementerian BUMN pada Desember 2019 melalui Keputusan Menteri BUMN Nomor SK-311/MBU/12/2019, sebagai bagian dari program strategis Pemerintah untuk meningkatkan konektivitas perdagangan dan berkontribusi dalam penurunan biaya logistik nasional. Keputusan tersebut selanjutnya disempurnakan melalui Keputusan Menteri BUMN Nomor SK-83/MBU/Wk2/11/2020 tanggal 13 November 2020 dan Keputusan Menteri BUMN Nomor SK-33/MBU/Wk2/03/2021 tanggal 29 Maret 2021. Kementerian BUMN berinisiatif untuk melakukan proses konsolidasi BUMN Jasa Kepelabuhanan bukan berbasis wilayah, melainkan berbasis kawasan strategis guna mewujudkan konektivitas maritim di seluruh wilayah Indonesia. Dengan demikian, BUMN jasa kepelabuhanan dapat lebih efisien dalam operasional dan investasinya, menciptakan jaringan transportasi laut yang optimal, serta memberikan layanan prima yang didukung oleh standar dan infrastruktur pelabuhan yang memadai. Hal ini diwujudkan dengan penyusunan Kajian Sinergi dan Integrasi BUMN Kepelabuhanan yang menghasilkan rancangan penggabungan keempat Pelindo pada tahun 2020.